教堂建于1910年。当时北京天主教总堂拟建一教堂和修女院会，遂由东交民巷天主教堂的法国神父柯来孟，弥厄尔教堂仁爱会法国修女依搦斯和若瑟会修女夏大姑等人共同筹建。根据老教友张元林提供，教堂基地共三块，面积约三亩多。一块在玉清观东街，建房十余间，作圣堂、学堂、托儿所之用；一块在南极庙前，建房分南北两院，南院为药房，为贫苦百姓义务治病，北院为女学堂和修女住所；另一块也在南极庙，建房十余间，为收容女童学习刺绣和教授讲经之用。三块地都在南岗子附近，故统称之为南岗子教堂。

　　1923年，仁教会修女集资银元两万元对教堂进行改建、扩建。收购永生巷一带荒地42亩，分东、西两部分建房。东部建楼房37间，为病、老修女住所，平房20余间，为诊疗所、职工宿舍和奶牛棚等。西部建教堂一座，即南岗子教堂（包括圣堂、神父院、厨房院等）。另建学校一所，名为惠我第四分校，即现在的永生小学所在地。

　　1952年修女院改为孤儿院。1958年为动员教会支援社会主义建设，遂将教会关闭，交由崇文区教育局使用。为了落实宗教政策，1986年天主教堂圣堂恢复使用，并成立了初学修女院，招收了第一批修女。同时，天主教总堂拨款两万元对圣堂进行了整修。1989年区民政局拨款12500元，为教会盖房三间，作教友出堂活动休息场所。从此，崇文区广大天主教友恢复了正常的宗教活动。1989年被列为区级文物保护单位。